O Anápolis foi fundado no dia
1º de maio de 1946, por um grupo de carroceiros. Inicialmente, adotou o nome de Operário Futebol Clube. A idéia era de criação de um time do "povão", para competir com outro já existente, a Anapolina, que era considerado o time da "elite".
O time foi crescendo ano após ano e, em 1947, conquistou o seu primeiro título estadual, quebrando um tabu. Pela primeira vez um time do interior ganhava o campeonato que não é reconhecido pela federação goiana de futebol. Em 1951 muda de nome e passa a ser o Anápolis Futebol Clube. Tudo isso porque o time que se chamava até então Anápolis mudara o seu nome para Anapolina. Mas a adoção do nome Anápolis F.C. não mudou o futebol de seus jogadores, que continuava a crescer a cada ano. Desta forma, ele conquistou o campeonato regional de 1954.
Na década de 1960, o Anápolis ja era bastante conhecido e tinha vários apelidos, dentre os quais Galo da Comarca, Tricolor da Manchester e Time dos Carroceiros. Grandes desportistas comandaram o clube, como João Bezze, Munir Calixto, Altino Teixeira de Moraes, Amim Gebrim, Osvaldo Cunha Soares, Ronaldo Jaime, Sebastião Richelieu da Costa e Fadel Skaff. Em 1961, conquistou o vice-campeonato do primeiro torneio octogonal e finalizou nessa data sua fase de amadorismo.
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